1942-ben a Postás Jóléti Alap, illetve a Postás betegsegélyező Intézet által létrehozott Postás Alapítvány, a mai OOI területén fekvő egészségügyi létesítmények új tulajdonosaként, több más épülettel együtt megkezdi a kápolna építtetését is, amely az 1944-es átadást követően egészen az 1950-es államosításig folyamatosan és rendeltetésszerűen működött. Az anyakönyvezést a Városmajori Plébánia végezte, a kápolna kisegítő szolgálatát pedig a Páli Szent Vincéről nevezett Szatmári Irgalmas Nővérek adták. 1950-től kezdve a kápolna hosszú időn át raktárként üzemelt. Ebben az időszakban mind belső, mind külső terében átalakítások történtek: egyrészt egy vasbeton tartóelem-sor beiktatásával a belső légtér kétszintessé vált, másrészt pedig lebontották a tornyot. Ez utóbbi munkálatok során nem megfelelően történt az eltávolított épülettest helyének szigetelése, így az épület sajnos beázott. 1989-ben került először szóba a kápolna rendeltetésszerű használatának visszaállítása. Az Országos Onkológiai Intézet együttműködve ezzel a felvetéssel megkezdte a raktár felszámolását, illetve költöztetését. Ebben az időszakban a legnagyobb nehézséget a kápolna tulajdonjogának tisztázása okozta. Hosszú évek múltán végül is fény derült arra, hogy bár a kápolna katolikus istentiszteleti célokat szolgált, az eredeti tulajdonos mégsem a Katolikus Egyház volt, hanem a Postás Alapítvány.
1993-ban az Intézet betegeinek igényeire támaszkodva a Magyar Rákellenes Liga vállalkozott a kápolna rendeltetésszerű használatának visszaállítására.
1998-ban a tulajdonjog tisztázása után elkezdődhettek a kápolna helyreállítási munkálatai. A szükséges anyagi háttér biztosítása, illetve a pénzügyek kezelése érdekében a Magyar Rákellenes Liga kuratóriumot hozott létre, amelynek elnöke Lambert Zoltán kanonok úr lett. 2000-ben a Főváros Közgyűlése a kápolnát modern műemlékként védettség alá helyezte. 2004 márciusáig a jelentős magán (635 egyéni adakozó), illetve intézményi adományok (7 intézményi adakozó) lehetővé tették, hogy a munkálatok zavartalanul folyhassanak. Ezekből az adományokból összesen 23 millió forint gyűlt össze. Ekkor azonban újabb pénzhiány lépett fel. 2004 tavaszán Erdő Péter bíboros úr az Esztergom-Budapesti Főegyházmegye nevében átvette a kápolna felújításának további munkáit, amelyhez még 18,5 millió forintra volt szükség. A felújítási munkálatok így 2004. december 20-ig befejeződtek.
2005. február 6-án dr. Erdő Péter bíboros, prímás, esztergom-budapesti érsek úr ünnepi Szentmise keretében fölszentelte az Irgalmas Jézus kápolnát és megáldotta annak Irgalmas Jézus képét.
A Kápolna oltárképét Szeigfrid Zoltán kisvárdai festő festette, a "Vigasztaló Madonna" kép Udvardi Erzsébet munkája, a keresztút képei szintén Udvardi Erzsébet festményeinek másolatai. A torony harangja Gombos Miklós őrbottyáni harangöntő mester munkája.
Az Irgalmas Jézus Kápolna a Budapesti Katolikus Kórházlelkészség központi kápolnája. A Kórházlelkészség irodája 2006 áprilisától a Kápolna fölötti 26-os épületben működik.
